参加新一轮审核评估的学校向教育行政部门提出申请，包括选择评估类型和评估时间，提交《审核评估申请报告》。申请评估时，学校依据大学章程和发展规划，综合考虑自身办学定位、人才培养目标和质量保障体系建设与运行情况自主选择“两类四种”评估方案其中一种。

中央部门所属高校向教育部提出申请；地方高校向所在地省级教育行政部门提出申请，其中申请参加第一类审核评估的地方高校由所在地省级教育行政部门向教育部推荐。学校提交评估申请时，需在申请报告中说明上轮评估整改情况，包括整改任务、整改目标、体制机制、工作举措、整改成效等。上轮评估整改的完成情况是新一轮审核评估申请受理的门槛条件之一。

拥有异地校区的学校，如异地校区与主校区为同一法人且毕业证书和学位证书的制式、标题、落款、公章等与主校区相同的，异地校区原则上应按主校区同一套评估方案评估，并在《审核评估申请报告》中予以说明。除此之外，须单独申请参加新一轮审核评估。